Der Evolutionsprozess wird von Maturana als 'strukturelles Driften' oder Treiben lebender Systeme verstanden. Dabei bestehen diejenigen Lebewesen fort, die ihre autopoietische Organisation bewahren können. Lebewesen sind an ihre Umwelt (das Milieu) lediglich strukturell gekoppelt: Umwelteinflüsse stellen für sie Störeinwirkungen dar. Die eigendynamischen Veränderungen der Lebewesen und die davon unabhängige Dynamik der Veränderungen des Milieus sind normalerweise miteinander verträglich. Solange Lebewesen in der Lage sind, die Störeinwirkungen der Umwelt zu kompensieren, und sie dabei nicht die Umwelt zerstören, können sie fortbestehen. Eine einseitige Anpassung der Lebewesen an ihre Umwelt findet nach Maturana weder in der Phylogenese (Evolution) noch in der Ontogenese (der individuellen Entwicklung) eines Lebewesens statt. Für das Überleben von Lebewesen ist nur die Fortsetzung der Autopoiese erforderlich.

In der Theorie der Autopoiese wird die Evolution als Entwicklung von sich selbst produzierenden autonomen Strukturen beschrieben.

Unter 'instruktiver Interaktion' versteht Maturana eine Einflussnahme der Umwelt auf ein Lebewesen. Bei einer instruktiven Interaktion im Sinne der Nachrichten- und Kommunikationstheorie werden Informationen oder Nachrichten aus der Umwelt aufgenommen und verarbeitet. Dementsprechend ändert sich dann das Verhalten des Lebewesens. Dies kann nach Maturana bei lebenden Systemen nicht der Fall sein, da diese keine Informationen aufnehmen.

Kognition wird von Maturana als biologisches Phänomen aufgefasst. Ein Lebewesen verfügt über Kognition, wenn es in der Lage ist, seinen Fortbestand unter dem (Stör-)Einfluss von Aussenreizen zu erhalten. Ein Beobachter (Zuschauer), der diese erfolgreiche Störungsbewältigung sieht, schreibt dem Lebewesen Kognition zu. Kognition kann in etwa mit 'Lebensbewältigung' oder 'Überlebensverträglichem Handeln' gleichgesetzt werden. Maturana hat seine Definition in der Kurzformel 'to live ist to know' zusammengefasst.

[Nach H. Maturana:] Wenn zwei Lebewesen über längere Zeit hinweg interagieren, sich also gegenseitig zu Strukturänderungen anregen ('perturbieren'), 'parallelisieren' sich ihre Strukturen und dabei vor allem die Nervensysteme der beiden interagierenden Lebewesen. Diese gleichen sich immer mehr aneinander an, und es bilden sich Gemeinsamkeiten (partielle Isomorphien) aus. Diese gemeinsamen Strukturbereiche beider Lebewesen bezeichnet Maturana als konsensuelle Bereiche.

Lebewesen sind nach Maturana mit dem sie umgebenden Milieu strukturell verkoppelt. Das heisst, sie verwirklichen ihre Autopoiese auf eine Art und Weise, die ihren Fortbestand in dem Medium ermöglicht. Die Struktur eines Lebewesens und die Struktur der Umwelt sind in dem Sinne miteinander verträglich, dass der Fortbestand des Lebewesens in der Umwelt möglich ist. Die Umwelt löst die Veränderungen eines Lebewesens nur aus (Perturbation), determiniert aber nicht ihren Verlauf.