Bei aller Kritik an möglichen negativen Auswirkungen einer zu großen Angewiesenheit der Forschung auf Drittmittel gilt aber auch: Kompetitiv vergebene Drittmittel sind ein wesentliches und unverzichtbares Element der Qualitätssicherung durch wissenschaftlichen Wettbewerb und können – bis zu einer gewissen Grenze – die Forschungsleistung positiv beeinflussen.

Problematisch ist schließlich, wenn Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler unabhängig vom eigentlichen Forschungsinteresse solche Forschungsfragen bearbeiten, die eine hohe Drittmitteleinwerbungssumme bei geringem Antragsaufwand versprechen. Dies kann zu einer Präferenz für Projekte und Themen führen, die vor allem politisch gewollt und daher finanziell stark gefördert werden.

Drittmittel gelten als Qualitätsmerkmal: Es herrscht eine stille Übereinkunft, dass ein Forschungsprojekt, das reichlich Drittmittel akquirieren konnte, wesentlichere Aspekte bearbeitet, als nicht drittmittelfinanzierte Forschungsergebnisse. Die Logik dahinter ist eine naive: Nur was gut ist, wird bezahlt und was nicht bezahlt wird, ist nicht gut. Aus diesem Grund müssen die Geldgeber und, jedenfalls wenn imposant, der Umfang der Drittmittel im Aufsatz Erwähnung finden.

Die Leistung der Forschung zeigt sich traditionellerweise hauptsächlich in wissenschaftlichen Publikationen und wird häufig an eingeworbenen Drittmitteln gemessen. Damit stellen sich allerdings zum einen grundsätzliche Fragen nach der Adäquatheit dieser Messgrössen, zum anderen ist damit nur ein kleiner Ausschnitt des Leistungsspektrums von Forschenden berücksichtigt - gerade an Pädagogischen Hochschulen mit ihren spezifischen Organisationsstrukturen und Rahmenbedingungen.

Als Folge der gestiegenen Bedeutung der Drittmittelfinanzierung führen Kritiker besonders häufig an, dass sie zu einer Fokussierung auf solche Themen führen könne, die dem wissenschaftlichen Mainstream zuzuordnen oder gerade en vogue sind. Dahinter steht die Annahme, dass die Gutachterinnen und Gutachter in den mit der Drittmittelförderung verbundenen Antrags- bzw. Begutachtungsverfahren diese Themen eher für bearbeitenswert halten und eine starke Orientierung an den Themensetzungen umfangreicher Forschungsförderprogramme stattfindet.