Wichtig in diesem Zusammenhang ist es jedoch zu betonen, dass beide Arten von Softwarewerkzeugen (Lern- und Arbeitswerkzeuge) didaktisch nicht neutral sind. Ob sich die ProgrammentwicklerInnen dessen bewusst sind oder nicht: Sie implementieren pädagogische Theorie! Wenn z.B. ein komplexes Lernmanagement System in erster Linie individuelle Drill & Practice Werkzeuge implementiert und dabei kooperatives Arbeiten nicht vorsieht, so ist klar, dass damit (wenn auch implizit) eine ganz bestimmte erziehungswissenschaftliche Theorie implementiert wurde. Die präferierte Theorie zeigt sich bei komplexen Systemen, die fast alle derzeit am Markt befindliche Funktionen beinhalten sowwohl in den gewählten Voreinstellungen (Präferenzen) und daran wie sichtbar (leicht) einige Funktionen genutzt werden können, andere aber nicht.

In der Literatur zur Schularchitektur bzw. Lernraumgestaltung wird im Rückgriff auf Loris Malaguzzi und die Reggio-Pädagogik gern die besondere Rolle des Raums als „dritter Pädagoge“ in Lernprozessen betont (vgl. u.a. Dobrowsky, 2012, 159; Schäfer & Schäfer, 2009, 235). Der Raum ist in diesem Verständnis weit mehr als ein Versammlungsort für Lehrende und Lernende. Räume sind soziale Landschaften und gleichzeitig individuelle Umgebungen, die motivierend und fördernd, aber auch hemmend und entmutigend wirken können. Raumgrenzen und Rahmenbedingungen wie Einrichtung, Aufteilung, Geräuschpegel oder auch Lichtverhältnisse haben in physischen Räumen Einfluss auf den Lernerfolg. Das gilt in vielleicht noch stärkerem Maße auch für virtuelle Lernräume, die im Zeitalter des Internets an Bedeutung gewinnen. Dabei wurden diese bislang meist als Erweiterung oder digitale Replik des physischen Lernraums umgesetzt.

Dass die Schulhausarchitektur, die Schulzimmerausstattung und die Anordnung von Tischen und Stühlen den Unterricht prägen, ist unter dem Schlagwort «Der Raum als dritter Pädagoge » allgemein bekannt. Wenn sich nun Schülerinnen und Schüler immer mehr in digitalen Lernumgebungen bewegen, entsteht ein digitaler Raum, der Lehrund Lernprozesse ebenso prägt wie der physische Raum. Welche Rollen sind in einer Lernumgebung vorgesehen? Welche Aktivitäten einer Schülerin sind für den Rest der Klasse oder die Lehrperson sichtbar? Wer darf in einer Lernumgebung wo etwas ergänzen oder ändern? Solche in Software gegossene Regeln enthalten eine Vorstellung davon, wie sich die Entwicklerinnen und Entwickler das Geschehen in einer Schule vorstellen. Da sich Datenstrukturen und Prozesse in Lernumgebungen nicht so einfach umgehen lassen, können sie das Unterrichtsgeschehen stark prägen und einschränken. Schulen sollten also vor der Wahl neuer Lernumgebungen prüfen, ob die in der Lernumgebung enthaltene Sichtweise von Lehren und Lernen zum eigenen Leitbild passt.