Im Vergleich zu vielen anderen Anbietern ist die Sicherheit von Threema trotz der genannten Schwäche als hoch zu bewerten. Dies sieht auch die Bundesverwaltung so, die seit letztem Jahr die App benutzt. Gemäss Auskunft des Bundesamts für Informatik und Telekommunikation steht die App allen Bundesangestellten für die Kommunikation bis zur Stufe «vertraulich» zur Verfügung. Zurzeit nutzen circa 8000 Bundesangestellte die App. Wie viel das kostet, gibt das Bundesamt nicht bekannt.